La fuerte custodia que mantiene el exprocurador fue objeto de recientes polémicas que terminaron en la revelación de un plan de las FARC para acabar con la vida de Ordóñez.

El Director Nacional de Inteligencia envió en 2013 una carta al entonces procurador en el que le notificaba sobre un atentado en su contra y del presidente Uribe.

“La información fue extraída de interceptaciones telefónicas. Uno de los sujetos que habla en dichas grabaciones, es identificado como alias León, ‘quien transmite órdenes emanadas por el máximo cabecilla, el sujeto alias Iván Márquez. El sujeto alias León, ordena a un enlace que tienen en la ciudad de Bogotá la recepción de un personal y el apoyo logístico para el mismo; este personal sería el encargado de desarrollar acciones terroristas en contra del señor expresidente Álvaro Uribe Vélez, más directamente a las tiendas de artesanías de sus hijos(…). El sujeto León, igualmente declara objetivo militar a todo funcionario de la Procuraduría General de la Nación, encabezado por señor procurador general Dr. Ordóñez’” relata la emisora LA F. m..