El 7 de septiembre de 2016, Consejo de Estado declaró nula la reelección del procurador por supuestas irregularidades.

Con esta decisión, Alejandro Ordóñez deberá abandonar el cargo en 5 días, tan pronto sea notificado.

Al respecto, Ordóñez declaró:

«Se acaba de cumplir el primer pacto de La Habana: la expulsión del Procurador.

Respeto y acato la decisión del Consejo de Estado. Soy un hombre de Estado, defensor de las instituciones. No comparto la decisión, pero la respeto, por tratarse de uno de nuestros máximos tribunales, del cual además fui magistrado.

Por mi talante, no interpondré recursos contra la sentencia, no presentaré tutelas, ni acudiré a organismos internacionales. Simplemente, la acepto con resignación cristiana.

Múltiples veces el Gobierno y las FARC presionaron públicamente mi salida. Estaban ansiosos de liberarse del Procurador.

Comprendo el odio de Timochenko y el resentimiento de Juan Manuel Santos. He sido, como lo ordena la Constitución, muy riguroso en el cumplimiento de mis funciones.

Un Procurador de bolsillo le hubiera dicho sí a todo, con la excusa de la paz. Pero la paz no lo justifica todo. No justifica premiar a los responsables de miles de crímenes de lesa humanidad, no justifica un golpe de estado contra la Constitución, ni justifica que un presidente haga lo que se le dé la gana.

Presionaron mi salida por decir no a la impunidad, por repudiar que le otorguen el derecho a gobernar a Colombia a perpetradores de atrocidades, por oponerme al rompimiento del orden constitucional que impone el Gobierno, por defender la vida y la familia.

Sacan al Procurador, para dejar sin control al gobierno en medio de la campaña del plebiscito. La legitimidad del plebiscito no depende solamente de las mayorías, sino de respetar las reglas, los controles y la transparencia.

El país debe votar a conciencia y de forma libre el plebiscito. Debe votar con la razón, no con la emoción. Los colombianos deben defender su derecho a decidir y no someterse al miedo, ni al chantaje.

¡Me voy contento, me voy tranquilo y con la satisfacción del deber cumplido!

Muchas gracias a todos los colombianos que durante estos años de dura labor me manifestaron su aprecio, su cariño, su apoyo.

Muchas gracias a los funcionarios de la Procuraduría por su trabajo y dedicación.

¡No les quepa la menor duda!

¡Vamos a seguir en la tarea!»